Державне комунальне підприємство «Плесо» створено рішенням виконавчого комітету Київської міської ради народних депутатів від 03.07.1995 № 204 «Про заходи щодо охорони, утримання та експлуатації внутрішніх водойм м.Києва», правонаступником якого на сьогодні є Комунальне підприємство виконавчого органу Київської міської ради (Київської міської державної адміністрації) по охороні, утриманню та експлуатації земель водного фонду м. Києва «Плесо».
У своїй діяльності КП «Плесо» підпорядковується Головному управлінню контролю за благоустроєм м. Києва виконавчого органу Київської міської ради (Київської міської державної адміністрації).